Consejo de supervivencia, crea una partición diferente para el /home
Después de mi primer acercamiento a Linux me di cuenta de que no había nada más importante que tener la carpeta /home en una partición diferente del disco rígido. La flexibilidad que esto nos permite es infinita; por ejemplo podemos reinstalar tantas veces como queramos nuestro sistema operativo sin perder nunca nuestras preferencias ni documentos. Además, nos permite tener diferentes distribuciones instaladas y que todas compartan las mismas preferencias, como el fondo de escritorio, las aplicaciones favoritas, etc.
Si estás instalando desde 0 tu nueva distribución, la tarea es sencilla; simplemente sigue los pasos de tu instalador (en Ubuntu y Debian aparece una opción de determinar las particiones manualmente). El problema es determinar el tamaño de la partición. Para usuarios hogareños que no emplean infinidad de aplicaciones diferentes, la distribución no ocupará más que algunos GB. En mi caso, yo tengo un disco de 160GB, al SO le destiné una partición de 20GB y el resto será para el Home.
Ubuntu recién instalado (más algunas aplicaciones extra) ocupa unos 3GB. El resto del espacio, aunque parezca inútil, se te irá llenando a medida que instales paquetes o programas adicionales (por ejemplo, la instalación de Matlab se lleva algunos GB, etc.). Por supuesto, puedes reducir el tamaño de la partición para la carpeta raiz tanto como creas que sea necesario. El espacio que le dediques a la carpeta home será cuestión de ver cuántos archivos quieres guardar (fotos, MP3, videos, etc.) eso dependerá de cada usuario.