Así que la primera dificultad con la que me encontré fue sobre cómo configurar correctamente el gestor de paquetes. A diferencia de Ubuntu, en Debian no vienen precargados repositorios y por defecto guarda al CD como fuente de paquetes, por lo que tendremos que configurarlos a mano. Entonces, lo primero que hacemos es ir a la página de repositorios de Debian; allí vemos una lista de "mirrors", es decir lugares desde los que podremos descargar los paquetes. En general lo más inteligente es elegir alguno que esté geográficamente cerca de nosotros, ya que serán los que más rápido funcionen.

Una vez que lo hayamos elegido (igualmente mejoraremos nuestra elección más adelante) escribimos lo siguiente en la terminal:
sudo gedit /etc/apt/sources.list

Ahí irá la lista de repositorios que queramos usar. Lo primero que hacemos es comentar (con un # al principio) los renglones en los que dice deb cdrom. De esta manera nos evitamos que nos pida introducir el CD de Debian cada vez que usemos el apt-get. Luego, agregamos la siguiente linea:
deb http://NUESTRO-MIRROR-ELEGIDO testing main.

Debemos recordar que tenemos que poner la dirección del repositorio que hayamos elegido y cambiar testing por stable si es que estamos usando la versión estable de Debian. Una vez hecho esto, guardamos y cerramos y en la consola hacemos:
sudo apt-get update
Así se actualiza la lista de repositorios. Y voilà, ya tenemos configurado el apt-get con el mirror que hayamos elegido. Lo más prudente sería hacer un upgrade ahora con:
sudo apt-get upgrade && sudo apt-get dist-upgrade para tener nuestro sistema actualizado.

¿Cómo saber qué mirror conviene?
Hay una aplicación que nos permite determinar cuál es la alternativa más rápida y se llama netselect. Escribimos lo siguiente en la terminal:
sudo apt-get install netselect
(por eso era importante instalar un repositorio al principio, así podemos instalar este programa luego). Es bastante sencillo de usar, se escribe
sudo netselect mirror1 mirror2 mirror3 ...
donde mirror1, etc. son las direcciones que queramos chequear de la lista del sitio de Debian. Lo que nos devuelve es el mirror que más rápido se conecta a nosotros (hace diferentes chequeos, como latencia, etc.) Una vez que sepamos cuál es (yo elegí todos los mirrors que aparecían de américa del sur, y el más rápido resultó ser http://sft.if.usp.br/debian ) volvemos a editar el archivo sources.list como se indica arriba y listo.

Mi sources.list luce como esto:

deb http://security.debian.org/ squeeze/updates main contrib
deb-src http://security.debian.org/ squeeze/updates main contrib
deb http://www.backports.org/debian lenny-backports main contrib non-free
deb http://ftp.br.debian.org/debian squeeze main
deb http://sft.if.usp.br/debian testing main

Estos repositorios permitirán instalar la mayoría de los paquetes que necesitemos, inclusive aquellos propietarios como Flash (ya escribiré sobre ello también.)